Berdirinya Pengadilan Negeri Mungkid diawali dengan terbitnya Surat Keputusan Menteri Kehakiman RI tanggal 25 Oktober 1982 No. M-ii.AT.01.01.1982. Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang semula masih bergabung menjadi satu dengan Pengadilan Negeri Magelang, yang kemudian dengan selesainya pembangunan gedung Kantor Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang di Kota Mungkid, maka gedung tersebut pada tanggal 15 Desember 1984 secara resmi dipakai penggunaannya.

Peresmian pengunaan gedung tersebut dilaksanakan oleh Menteri Kehakiman RI (Bapak Ismael Saleh, SH) dan sejak tanggal tersebut secara administratif Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang telah berdiri sendiri dan terpisah dengan Pengadilan Negeri Magelang yang berkedudukan di Kota Magelang.

Bersamaan dengan diresmikannya Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang, telah dilantik pula Ketua Pengadilan Kabupaten Magelang yang pertama yaitu Bapak RPS. Wenang Atmodiprodjo, SH  (Ketua PN TMT.30 November  1984 s.d Desember 1988)) oleh Ketua Pengadilan Tinggi Jawa Tengah, Bapak Antyo Soebakdo, SH.

Selanjutnya pada tanggal 24 September 1988 telah dilakukan serah terima Jabatan Ketua Pengadilan Kabupaten Magelang dari Bapak RPS. Wenang Atmodiprodjo, SH kepada wakilnya yakni Ny. Haryati Wiguno, SH. berdasarkan atas SK Menteri Kehakiman RI tanggal 1 Pebruari 1988 No.484-KP.04.10 tahun 1988. Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang  tersebut diangkat menjadi Hakim Tinggi pada Pengadilan Tinggi Irian Jaya di Jayapura.

Kemudian berdasarkan SK Menteri Kehakiman tanggal 6 Maret 1989 No.A-46/KP.04.04.10, Ny. Haryati Wiguno, SH yang semula sebagai Wakil Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang telah diangkat menjadi Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang secara definitif.

Pada tanggal 18 Nopember 1992 telah dilakukan serah terima jabatan Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang dari Ny. Haryati Wiguno, SH kepada Bapak Sumartono, SH. Pergantian ini berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman RI No. D.415-KP.04.10 tanggal 27 Juni 1992.

Bapak Sumartono,SH. menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang terhitung mulai tanggal : 18 November 1992 sampai dengan 14 November 1996. Beliau berhasil membenahi penataan arsip di bagian statistik dan dokumentasi (STADOK) dan menjadi yang terbaik untuk wilayah Pengadilan Tinggi Jawa Tengah, sehingga digunakan sebagai tempat untuk studi banding dari Pengadilan Negeri se-Jawa Tengah khususnya di bidang kearsipan. Di bidang pembangunan sarana dan prasarana kantor, beliau juga membangun halaman parkir di sisi kanan dan kiri gedung dengan landasan paving blok, serta lapangan upacara yang ditanami rumput dan mewujudkan garasi mobil yang bisa menampung 6 (enam) kendaraan roda empat. Selanjutnya Bapak Sumartono,SH. alih tugas sebagai Hakim Pengadilan Negeri Semarang.

Pada tanggal 14 Oktober 1996 telah diserah terimakan jabatan Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang dari Bapak Sumartono, SH. kepada Bapak R. Nachrowie, SH. yang menjabat sampai dengan tanggal 20 Juni 1998. Kemudian yang bersangkutan dimutasi sebagai Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Timur.

Ketua Pengadilan Kabupaten Magelang selanjutnya dijabat oleh Bapak I.AJ. Luhulima,SH. yang menjabat mulai tanggal 15 Desember 1998 sampai dengan 25 Januari 2001. Pada saat kepemimpinan beliau, pernah terjadi peristiwa perusakan kantor dan perusakan pagar halaman depan yang dilakukan oleh massa pendukung korban pembunuhan tukang ojek yang tidak puas dengan putusan hakim. Karena pagar besi rusak berat, dan banyak kaca-kaca kantor yang pecah yang berdampak pada keamanan kantor, Bupati Magelang yang saat itu dijabat oleh Bapak Drs. Hasyim Affandi, telah memberikan bantuan pembangunan pagar tembok dengan pintu besi yang kokoh berarsitektur Jawa Tengah yang disamakan dengan pagar halaman Kantor Pemerintah Kabupaten Magelang seperti yang terlihat saat ini. Bapak I.AJ. Luhulima akhirnya dimutasikan sebagai Hakim Tinggi Palangkaraya.

Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang selanjutnya dijabat oleh Bapak Sutoyo,SH. terhitung mulai tanggal 26 Januari 2002 sampai dengan tanggal 16 April 2003. Selama kepemimpinan beliau, Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang telah mendapat bantuan pembangunan aula dari Bupati Magelang. Aula tersebut berdampingan dengan Mushola At-Taqwa. Dan saat ini aula tersebut digunakan sebagai ruang sidang anak dan ruang arsip. Bapak Sutoyo, SH. akhirnya dimutasikan sebagai Hakim Pengadilan Negeri Semarang.

Selanjutnya Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang dijabat oleh Bapak Kusnawi Mukhlis, SH. terhitung mulai tanggal 17 April 2003 sampai dengan 05  September 2006. Pada saat kepemimpinan beliau Kantor Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang mendapat bantuan rehab I gedung kantor dan pembangunan lantai dua pada sayap kiri dan sayap kanan gedung utama untuk ruang hakim I, ruang hakim II, perpustakaan dan ruang kepegawaian serta rehab tiga rumah dinas hakim di Dusun Japunan, Mertoyudan, Kabupaten Magelang. Disamping rehab gedung dan penambahan ruangan di lantai atas, juga ada penambahan meubeler perlengkapan ruang sidang dan sound system untuk ruang sidang I (utama). Dari Bupati Magelang, Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang menerima hibah satu buah mobil sedan Toyota Vios, dengan nomor polisi AA-7007-ZK untuk operasional Ketua Pengadilan dan kegiatan kemuspidaan.

Selanjutnya pada tanggal 6 September 2006, beliau telah menyerahkan jabatan Ketua Pengadilan Negeri kepada penggantinya yaitu Bapak H. Suwisnu, SH. untuk selanjutnya menempati tugas baru sebagai hakim di Pengadilan Negeri Jakarta Timur.

Bapak H. Suwisnu, SH. menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang terhitung mulai tanggal 6 September 2006 sampai dengan 31 Maret 2008. Dalam kepemimpinannya beliau mengajak umat muslim yang ada di Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang dari hakim hingga karyawan dan beberapa donatur untuk merehab Mushola At-Taqwa yang dulunya hanya berupa bangunan sederhana berukuran 6 x 6 dengan lantai ubin berkesan kotor. Mushola tersebut dibangun dengan dana swadaya secara bertahap. Setelah direhab mushola tersebut menjadi lebih bagus dengan lantai keramik dan diperluas dengan dilengkapi dua tempat wudhu dan satu toilet. Pada saat itu, pernah pula dirintis menyelenggarakan acara buka bersama antara Pengadilan Negeri Mungkid dengan Kejaksaan Negeri Mungkid yang dilanjutkan dengan acara salat tarawih bersama. Akhirnya pada tanggal 23 April 2008 Bapak H. Suwisnu,SH. menyerahkan jabatan Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang kepada Bapak Binsar Siregar,SH. M. Hum. H. Suwisnu,SH. dimutasikan sebagai Hakim  di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.

Bapak Binsar Siregar,SH. M. Hum. Menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang terhitung mulai tanggal 23 April 2008 sampai dengan 18 November 2009. Dalam kepemimpinan beliau, Kantor Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang mendapat bantuan rehab gedung tahap II, dengan prototype baru yang merubah bangunan utama dari kerangka atap kayu dan genting pres menjadi kerangka baja ringan dan atas seng(galvalin) tahan gempa. Pembangunan rehab tahap II tersebut juga merubah wajah kantor yang tadinya tembok biasa menjadi dinding keramik warna cokelat dan penggantian seluruh ubin menjadi keramik.

Usai direhab, Kantor Pengadilan Negeri Kabupaten Magelang juga berubah nama menjadi Pengadilan Negeri Mungkid, dengan ditandai pergantian cap stempel baru dari Mahkamah Agung dan berubahnya logo. Pada tanggal 18 November 2009, Bapak Binsar Siregar,SH. M. Hum. menyerahkan jabatan Ketua Pengadilan Negeri Mungkid kepada Bapak Adi Hernomo Yulitanto, SH. MH. Bapak Binsar Siregar, SH. M. Hum. Dimutasikan ke Pengadilan Negeri Palembang.

Bapak Adi Hernomo Yulianto, SH. MH. menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Mungkid terhitung mulai tanggal 18 November 2009 sampai dengan tanggal 27 Desember 2010 yang sebelumnya menjabat sebagai Wakil Ketua Pengadilan Negeri Mungkid. Pada kepemimpinan beliau, terjadi bencana alam dari erupsi Gunung Merapi, yang menyebabkan gedung baru Pengadilan Negeri Mungkid rusak parah, dikarenakan terkena hujan lumpur dan pasir serta abu vulkanik. Bahkan garasi mobil yang baru saja dibangun di sisi kiri gedung juga roboh tertimpa pohon beringin yang tidak kuat menahan beratnya lumpur pasir yang menutupi daun-daun pohon beringin. Akibat bencana tersebut Pengadilan Negeri Mungkid sempat lumpuh beberapa hari, tidak dapat melayani masyarakat pencari keadilan, karena jaringan listrik rusak parah, pasokan air PAM/ledeng juga terganggu. Telepon juga mengalami kerusakan, bahkan beberapa karyawan yang tinggal di Muntilan, Srumbung, Mungkid, Borobudur, rumahnya mengalami kerusakan dan mengungsi di tempat yang lebih aman. Bapak Adi Hernomo Yulianto, selanjutnya dimutasi ke Pengadilan Negeri Jember.

Selanjutnya Ketua Pengadilan Negeri Mungkid dijabat oleh Bapak Agus Setiawan, SH. MH. Berdasarkan Surat Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI, Nomor : 22/DJU/SK/KP.04.5/IX/2011 tertanggal 29 September 2011. Selama kepemimpinan beliau, Pengadilan Negeri Mungkid berhasil meraih juara kebersihan lingkungan kantor Pengadilan Negeri tingkat Karesidan Kedu dan mendapat piagam penghargaan dari Ketua Pengadilan Tinggi Semarang. Di samping itu beliau juga membangun garasi untuk penyimpanan barang bukti sepeda motor, yang biasanya hanya ditempatkan di halaman samping kiri gedung. Selanjutnya beliau dimutasi sebagai hakim Pengadilan Negeri Medan.

Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid selanjutnya dijabat oleh Bapak Saiful Arif, SH. MH. Bapak Saiful Arif, SH. MH. kemudian dimutasi sebagai Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Pusat.

Pejabat Ketua Pengadilan Mungkid selanjutnya adalah Bapak Alimin Ribut Sujono, SH. MH. berdasarkan Surat Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI Nomor : 128/KMA/SK/VII/2013 tertanggal 29 Juli 2013. Dan resmi dilantik pada tanggal 13 September 2013. Selama kepemimpinan beliau, di Pengadilan Negeri Mungkid telah berhasil diwujudkan ruang sidang anak yang dilengkapi dengan ruang tahanan sementara untuk menunggu sidang. Penambahan ruang sidang anak tersebut, sebetulnya hanya merubah ruang sidang III yang sebelumnya digunakan untuk sidang umum. Beliau juga membangun gudang, untuk menyimpan barang-barang milik Negara yang sudah tidak digunakan lagi, seperti meubeler, mesin ketik, mesin hitung, dan lainnya yang kondisinya sudah rusak yang letaknya berdampingan dengan Mushola At-Taqwa. Kemudian merombak garasi menjadi gudang penyimpanan barang. Di samping itu ruang sidang II yang tadinya tembok biasa, backgroundnya diganti keramik yang menjadikan lebih indah. Untuk menunjang  tugas-tugas  kemuspidaan, Bupati  Magelang Bapak Zaenal Arifin, SH. telah menyerahkan mobil operasional Nissan X-Trail dengan nomor polisi AA 7000 ZK kepada Ketua Pengadilan Negeri Mungkid. Mobil tersebut sifatnya hanya pinjam-pakai, dan biaya operasionalnya diserahkan kepada Pengadilan Negeri Mungkid. Selanjutnya beliau meletakkan jabatan Ketua Pengadilan Negeri Mungkid pada 17 Februari 2015, dan digantikan oleh Ibu Nuruli Mahdilis, SH. MH. yang sebelumnya adalah Wakil Ketua Pengadilan Negeri Mungkid. Bapak Alimin Ribut Sujono, SH. MH. dimutasikan ke Pengadilan Negeri kelas IA “khusus”, Semarang.

Ibu Nuruli Mahdili, SH. MH. menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Mungkid, dengan Surat Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI Nomor : 10/DJU/SK/KP.04.5/12/2014 tertanggal 12 Desember 2014 dan dilantik pada tanggal 17 Februari 2015. Di awal kepemimpinan beliau, Kantor Pengadilan Negeri Mungkid menerapkan kawasan “Bebas Asap Rokok”. Pada dasarnya, di lingkungan kantor tidak boleh merokok. Namun demikian, bagi karyawan dan tamu atau pengunjung sidang yang akan merokok disiapkan tempat merokok yang terletak di halaman belakang ruang sidang utama berupa Gazebo yang secara khusus disiapkan. Selain melakukan pembenahan administrasi, beliau juga berhasil merubah dan memperbarui sarana-prasarana kantor seperti ruang sidang anak yang dilengkapi sarana teleconference, ruang tunggu sidang anak, ruang mediasi/kaukus/diversi dilengkapi teleconferce, garasi, tempat parkir, meja dan background tempat informasi, background tempat piket, ruang ibu menyusui (laktasi), ruang rapat di lengkapi infokus, pemasangan monitor di ruang perdata, pidana, kepegawaian dan keuangan. Di samping itu pula Pengadilan Negeri Mungkid telah meraih peringkat keenam dalam lomba inovasi pengadilan yang diselenggarakan oleh Mahkamah Agung. Inovasi tersebut berupa Aksesibilitas Pengguna Difabel di Website Standar Pengadilan. Ibu Nuruli Mahdilis, SH. MH. menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Mungkid TMT Februari 2015 s.d 9 Desember 2016 beralih tugas ke Pengadilan Negeri Klaten sebagai Wakil Ketua. Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid selanjutnya dijabat oleh Bapak Aris Gunawan, S.H TMT 9 Desember 2016 s.d 23 Aguatus 2017 dan beralih Tugas Menjadi Hakim di Pengadilan Negeri Makasar.

Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid selanjutnya dijabat oleh Bapak Masduki, S.H. Sebagai Plt Ketua Pengadilan Negeri Mungkid TMT 23 Agustus 2017 s.d 28 Agustus 2018. kemudian promosikan sebagai Ketua Pengadilan Negeri / Perikanan Sorong.

Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid selanjutnya dijabat oleh Bapak Muhamammad Buchary Kurniata Tampubolon, SH. MH. kemudian dimutasi sebagai Wakil Ketua Pengadilan Negeri Sukoharjo (28 Agustus 2018 - 1 November 2019).

Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid selanjutnya dijabat oleh Bapak Totok Sapto Indrato, SH. MH. Yang sebelumnya menjabat sebagai Wakil Ketua Pengadilan Negeri Wonosobo. kemudian dimutasi ke Pengadilan Palangkaraya (18 November 2019 - 21 Januari 2021).

Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid Selanjutnya dijabat oleh Ibu Dr. Husnul Khotimah, S.H., M.H. Yang sebelumnya menjabat sebagai Wakil Ketua Pengadilan Negeri Wates (9 Maret 2021 - 6 Januari 2023).

Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid sekarang dijabat oleh Bapak Darminto Hutasoit, S.H., M.H. Yang sebelumnya menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Sampit (6 Januari 2023 - Sampai dengan 8 Agustus 2024). Semasa menjabat beliau melakukan perbaikan sarana dan prasarana berupa pembuatan backdrop dan pemasangan wallpaper di ruang Ketua, penggantian keramik semua kamar mandi, pembuatan pembatas pada ruang sidang utama dari bahan stainless, pengaspalan dan pemasangan paving blok halaman rumah dinas dan halaman kantor Pengadilan Negeri Mungkid pada tahun 2023 dan mendapatkan pinjam pakai mobil operasional kendaraan roda 4 jenis innova dengan nomor polisi AA 5 B yang diperuntukkan untuk Ketua Pengadilan Negeri Mungkid, penataan kembali halaman kantor Pengadilan Negeri Mungkid berupa gudang penyimpanan barang-barang milik Negara sehingga secara estetika halaman kantor Pengadilan Negeri Mungkid lebih tertata dengan baik, pemutaran audio berupa musik instrumen setiap pagi baik lagu instrumen lokal dan nasional yang tujuannya adalah untuk menciptakan suasana yang tenang dan damai pada waktu pagi hari, selanjutnya pada tahun 2024 dilakukan penataan kembali ruang steril bagian atas (lantai 2) yang dulunya ruang sidang anak dan peksos berada di lantai 2 dan di kepemimpinan beliau dipindahkan ke lantai 1 sehingga tercipta ruang atas (lantai 2) yang benar-benar steril dari pengguna Pengadilan Negeri Mungkid, pembuatan ruang tunggu pengunjung sidang bagian belakang dengan penambahan kanopi dan back drop untuk ruang tunggu bagi pengunjung sidang sehingga dapat lebih nyaman dan lebih ramah, pembuatan ruang tahanan ramah anak, ruang rapat, penataan kembali area steril lantai 1 dan renovasi lantai keramik kamar mandi, backdrop ruang tamu terbuka PTSP, papan nama tiap ruangan yang terbuat dari bahan akrilik, penambahan penerangan sarpras di lingkungan kantor.

Jabatan Ketua Pengadilan Mungkid Selanjutnya dijabat oleh Ibu Ita Widyaningsih, S.H., M.H. Yang sebelumnya menjabat sebagai Ketua Pengadilan Negeri Martapura (8 Agustus 2024 - Sekarang).